東～西日本は雨、西日本は午後から局地的に対流雲が発達。
九州南部で時間50ミリを超す非常に激しい雨、
日降水量は九州南部で70～90ミリ前後、
本州中部で40～50ミリ。
日本時間2時48分頃（現地時間午前6時48分頃）、
サモア諸島付近でM8.3の地震発生。
地震の直後に発生した津波による死者は、
夜までに100人以上に達した。今後、さらに増える可能性が高い。
気象庁は午前9時に北海道から沖縄にかけての太平洋側を中心に
津波注意報を発表したが、15時までに全て解除された。
また、日本時間午後7時16分頃（現地時間午後5時16分頃）、
インドネシア西部スマトラ島沖でM7.6の地震が発生。
死者は1000人を超え、今後さらに増える可能性がある。
2009年9月は全国的に日照時間が多く、記録的な少雨。
東・西日本の日本海側では、
地域平均の統計を始めた1946年以降、
9月としては最も降水量が少なかった。
また、全国の気象官署のうち19地点で、
9月の月降水量の統計開始以来の最小記録を更新した。
沖縄・奄美で記録的な高温 沖縄・奄美では、
亜熱帯高気圧に覆われて晴れる日が多く、顕著な高温。
1946年以降、9月としては最も気温が高かった。
那覇の9月の連続真夏日は、1961年以来初めて。
また、石垣島の9月連続熱帯夜は、1931年以来初めて。
■月平均気温高い方からの順位更新（観測史上1位）
（カッコ内は平年差） 与那国島28.4℃（+1.3）
西表島28.5℃（+1.1）、石垣島29.4℃（+1.7）
宮古島28.8℃（+1.7）、久米島28.7℃（+1.7）
那覇29.0℃（+1.8）、名護28.6℃（+1.5）
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最高気温 北海道は平年より２～５℃高い
本州は平年並～低め
四国西部、九州～沖縄は平年並～高め
最低気温 北日本は１０℃以下の所が多い
ただし、北海道日本海側、
北部は平年を大きく上回る
関東以西の各地は平年並～高め
中国地方は平年差＋6℃以上
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